Федеральное государственное бюджетное учреждение науки
Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук
+7 (3952) 42-65-04
info@lin.irk.ru

Таблица школа ДНК Баркодинга

№ занятия Тема занятия Файл с презентацией Преподаватель
1 Использование командной строки в обработке геномных данных.

Тема 1

к.т.н. И.С. Петрушин (ИГУ)
2 Удаленный доступ к высокопроизводительным компьютерам под управлением операционной системы Linux.

Тема 2

к.т.н. И.С. Петрушин (ИГУ)
3 Введение в язык программирования R. https://vkvideo.ru/video5658227_456239342

Тема 3

к.б.н. Ю.С. Букин (ИГУ, ЛИН СО РАН)
4 ДНК-баркодинг: маркеры, эволюционные дистанции и идентификация видов. https://vkvideo.ru/video5658227_456239341

Тема 4

к.б.н. Т. Е. Перетолчина (ЛИН СО РАН)
5 Базы данных для метабаркодинга, автоматизация сопоставления собственных данных с базами данных, приложение BLAST. https://vkvideo.ru/video5658227_456239340

Тема 5

к.б.н. Ю.С. Букин (ИГУ, ЛИН СО РАН)
6a Метабаркодинг: основные принципы, цели и задачи, высокопроизводительное секвенирование.https://vkvideo.ru/video5658227_456239343 https://vkvideo.ru/video5658227_456239351

Тема 6a

к.б.н. И.С. Михайлов (ЛИН СО РАН), к.б.н. Ю.С. Букин (ИГУ, ЛИН СО РАН)
6b Метабаркодинг: основные принципы, цели и задачи, высокопроизводительное секвенирование.https://vkvideo.ru/video5658227_456239343 https://vkvideo.ru/video5658227_456239351

Тема 6b

к.б.н. И.С. Михайлов (ЛИН СО РАН), к.б.н. Ю.С. Букин (ИГУ, ЛИН СО РАН)
Использование программы USEARCH в анализе данных метабаркодинга https://vkvideo.ru/video5658227_456239348

Тема 7a

к.б.н. И.С. Михайлов (ЛИН СО РАН), к.б.н. Ю.С. Букин (ИГУ, ЛИН СО РАН)
7b Использование программы USEARCH в анализе данных метабаркодинга

Тема 7b

к.б.н. И.С. Михайлов (ЛИН СО РАН), к.б.н. Ю.С. Букин (ИГУ, ЛИН СО РАН)
Использование пакета dada2 в анализе данных метабаркодинга. https://vkvideo.ru/video5658227_456239349

Тема 8a

к.б.н. Ю.С. Букин (ИГУ, ЛИН СО РАН)
8b Использование пакета dada2 в анализе данных метабаркодинга.

Тема 8b

к.б.н. Ю.С. Букин (ИГУ, ЛИН СО РАН)
9 Теория. Методы вычислительной экологии, многомерной статистики, корреляционного анализа для интерпретации результатов метабаркодинга

Тема 9

к.б.н. Ю.С. Букин (ИГУ, ЛИН СО РАН)
10 Практика. Методы вычислительной экологии, многомерной статистики, корреляционного анализа для интерпретации результатов метабаркодинга

Тема 10

к.б.н. Ю.С. Букин (ИГУ, ЛИН СО РАН)
11 Предсказание функциональной активности бактериальных сообществ по результатам ДНК-метабаркодинга с применением маркера 16s rRNA

Тема 11

к.б.н. Ю.С. Букин (ИГУ, ЛИН СО РАН)
12 Семинар - обмен опытом. ДНК-баркодинг для идентификации и уточнения таксономического статуса байкальских беспозвоночных животных

Тема 12

к.б.н. Т. Е. Перетолчина (ЛИН СО РАН)
13 Семинар - обмен опытом. ДНК-баркодинг и метабаркодинг в исследовании почвенных цианобактерий и микроводорослей

Тема 13

к.б.н. А.Д. Темралеева (ИБФМ РАН)
14 Семинар – обмен опытом. ДНК-метабаркодинг в исследовании микробных сообществ водной толщи оз. Байкал

Тема 14

к.б.н. И.С. Михайлов (ЛИН СО РАН)
15 Семинар – обмен опытом. ДНК-метабаркодинг в исследовании сообществ микроэукариот водной толщи оз. Байкал

Тема 15

к.б.н. И.С. Михайлов (ЛИН СО РАН)
16 Семинар – обмен опытом. ДНК-метабаркодинг в исследовании структуры бентосных сообществ беспозвоночных животных оз. Байкал

Тема 16

к.б.н. Т. Е. Перетолчина (ЛИН СО РАН)