Лимнологический институт является научным учреждением, выполняющим междисциплинарные комплексные исследования озера Байкал и других водоемов Сибири.

Целью деятельности Института является получение и применение новых знаний в области биологии, химии, физики, геологии и географии путем проведения фундаментальных научных исследований, направленных на понимание процессов формирования и функционирования водных экосистем, разнообразия и эволюции водных организмов, механизмов биологического видообразования, а также поисковых и прикладных научных исследований по указанным направлениям.

Основные научные направления деятельности Института:

• Лимнология: механизмы образования, биоразнообразие, эволюция озерных систем;
• Современное состояние и прогноз развития водоемов и водотоков суши;
• Живые системы: комплексное исследование гидробионтов методами классической и молекулярной биологии и смежных наук.

Лимнологический институт является преемником организованной в 1928 г. Байкальской лимнологической станции. Это было первое научное учреждение Академии наук в Сибири.
В 1961 г. постановлением Президиума АН СССР № 49 от 20.01.1961 г. станция реорганизована в Лимнологический институт СО АН СССР.

     В составе ЛИН СО РАН - 1 научный отдел, 14 научных лабораторий, 1 группа, 1 приборный центр коллективного пользования физико-химического ультрамикроанализа.
     В Институте работает 337 человек;
     Численность исследователей – 132 человека, из них в возрасте до 39 лет – 28% (38 чел.);
     15 докторов наук;
     104 кандидата наук;
     6 профессоров;
     13 доцентов.

К наиболее важным результатам в области фундаментальных исследований можно отнести следующие:

• Установление причины массовой гибели байкальских тюленей (6 тыс. голов, 1987–1988 гг.): поражение тюленей морбилливирусом чумы плотоядных (собачья чумка); возможность заражения тюленей морбилливирусом была доказана впервые в мире.
• Расшифровка байкальской осадочной летописи палеоклиматов последних 8 млн. лет и расшифровка субресцентных климатических летописей; непрерывная летопись палеоклиматов такой продолжительности на континенте могла быть получена только на озере Байкал, все результаты были пионерными; работа была выполнена в широкой международной и внутрироссийской кооперации.
• Впервые для пресноводного водоема на примере озера Байкал разработан и апробирован комплекс методик и оборудования для поиска и картирования приповерхностных скоплений гидрата метана и добычи газа из них. Открыты не свойственные для морей сочетания разных по морфологии, структуре и газовому составу газовые гидраты. Открыт новый, Байкальский, тип грязевого вулканизма. Работа выполнена в тесном сотрудничестве с научными и образовательными учреждениями России, стран Европы и Азии.
• Современными электронно-микроскопическими, вирусологическими и молекулярно-генетическими методами впервые установлено большое таксономическое разнообразие в различных биотопах Байкала автохтонных бактериофагов - ранее неизвестного вирусного звена, существенно дополняющего структурно-функциональную организацию экосистемы самого древнего и глубокого пресного водоема Земли